他认为：自主创新是基于我国经济社会发展的独特历史背景提出的一个概念。首先，在创新的定位上，它是国家层面的战略，服务于提高国家的整体竞争力。其次，在创新的内容上，它着重强调的是技术层面的创新。第三，在创新的主体上，它强调是由本土企业实现或控制的创新。
全球化是大势所趋，中国必须参与全球化。并且，中国必须掌握参与全球化的主动权，而不能被动地、无所选择地参与全球化进程。一个国家的经济发展受制于同她有经济贸易往来的一个或一些国家经济发展与扩张，这是正常现象。因为“依附”本身是以国际分工为基础，但参与国际分工，要努力争取在国际社会中的平等地位，避免沦落到“依附国”的悲惨境地。
侯永志研究员认为，改革开放以来，随着社会主义市场经济体制的建立和完善，政府和市场在经济社会发展中的相对地位发生了显著的变化，政府基本上已从微观经济领域退出，而市场正在发挥着配置资源的基础性作用。在这种情况下，政府在自主创新中是否应该发挥作用以及发挥何种作用，成为人们广泛关注的问题，甚至成为人们激烈争论的焦点问题。根据我们对自主创新的理解，以及对政府职能和市场作用的认识，我们认为，充分发挥政府的作用，是推动自主创新的内在要求。另一方面，政府推动创新也是世界主要国家的通行做法。从世界范围来看，无论是在那些处于技术前沿的国家，还是在那些技术赶超型国家，政府都主动介入了创新的过程。
侯永志研究员比较分析了不同国家技术创新模式，提出了发展有中国特色的自主创新之路，政府不仅应该发挥作用，而且应该在广泛的领域中发挥作用。尤其是在以下六个领域：（1）制定具有科学性、前瞻性和可延展性的规划。（2）设计既符合国情又符合市场经济原则的制度。（3）提供充分的财政支持。（4）培育和发展资本市场。（5）创造市场需求。（6）培养国民的创新精神，提高全民创新能力。（（合芜蚌自主创新与区域经济发展研究中心））