中国征收个体工商户管理费和集贸市场管理费始于上世纪80年代初期，具体征收主体为工商行政管理部门，即工商局。征收对象为个体工商户和私营企业，主要用途是“建设集贸市场”，“为个体工商户提供服务”以及“工商行政管理部门经费开支”。
征收个体工商户管理费和集贸市场管理费是在经济体制改革初期，允许个体经济和私营企业作为公有制经济的有益补充，引导和规范其适度发展，是促进集贸市场建设，加强交易管理，维护市场正常秩序等所采取的一项政策。“两费”的征收曾经发挥积极作用：为工商部门充分发挥市场管理和监督职能提供了有力的经费保障；工商部门利用这些经费兴办了很多集贸市场，为个体工商户的经营提供了服务，繁荣了经济；大大减轻了各级政府的财政负担，为地方经济发展减轻了财政压力。
一、征收个体工商户管理费和集贸市场管理费存在的问题
随着经济形式的不断变化，财政体制的不断调整，征收“两费”弊端越来越大。
（1）征收缺乏法律依据。收费的依据――1983年规定、国家物价局和财政部发布的《关于发布工商行政管理系统行政事业性收费项目及标准的通知》，缺少法律支撑，有“三乱”之嫌。（2）“管理费”已失去现实依据。原《通知》明确规定，个体工商户管理费取之个体户，用之个体户；集贸市场管理费取之市场、用之市场。多年来市场管理由工商部门承担，管理费亦由工商部门独家收取。近年来，按照国务院要求，工商部门对市场管理实行管建脱钩，只当裁判员，不当运动员，职责发生了重大变化。而将市场日常管理划归商贸、城建、市容等部门管理，收费与管理脱节。另外，从1998年起，工商行政管理机关已不再是传统意义上个体、私营经济的主管部门，其监管对象变为所有市场主体，主要职能从对个体、私营经济的管理，转变为依法确认各类经营者的主体资格，规范市场交易行为，保护公平竞争，取缔非法经营等，并陆续将引导个体、私营经济发展的职能移交给政府相近职能部门或有关的行业协会，管理费的“管理”目的已不复存在。按照财政部关于将部分行政事业性收费和政府性基金纳入预算管理的通知，将工商部门收取的“个体工商户管理费”、“集贸市场管理费”纳入预算管理，全额上缴省财政，这样收取的“两费”根本无法再用于市场。“两费”收入上缴省财政后，其使用范围只限于工商行政管理人员工资和日常办公经费，“管理费”的用途发生“异化”。（3）“管理费”加重个体工商户和私营企业负担，形成市场主体不公平竞争。（4）征收效率低、成本高。收入零星分散，征收耗费大量人力物力，得不偿失。
二、取消个体工商户管理费和集贸市场管理费的意义
停止征收“两费”，这既有利于减轻个体工商户和私营企业负担，促进个体、私营等非公有制经济持续健康发展，又有利于加强和改进工商行政管理工作，强化市场监管执法，更好地服务经济社会协调发展。
（1）促进市场经营主体公平竞争。“两费停收”不仅能起到规范税费关系，更重要的是对广大的经营者和消费者直接减负，增加个体创业的资本积累和创业的积极性，促进市场经营主体公平竞争，并有利于扩大内需。（2）扶持弱势群体，为个私经济发展提供更好的政策环境。目前从事个体经营大多是城郊失地和少地农民、城镇下岗职工、部分缺乏高劳动技能的自主创业者等，基本是属于社会弱势群体，政府有责任为他们发展提供有效的政策环境。停征“两费”不仅直接提高个体工商户的收益，还进一步消除其他形形色色的搭车收费载体。（3）转变政府工商行政管理职能。停征“两费”有助于工商部门由过去的以收代管转向监管和为市场主体提供更好的服务，建立更好、有效、系统和长效市场监管机制，充分发挥工商管理服务职能。“两费”停征后，工商部门可以把精力放在执法监管上，从而转变过去以收代管的模式。减少了与个体工商户直接接触产生的矛盾和摩擦，有利于树立政府形象。（4）是推进税费改革的一项重要举措。我国自2000年实行税费改革以来，不断规范税费关系，为经济发展努力营造一个税收法制环境和规范的制度环境。近年来，各级政府对行政事业性收费和政府性基金进行了全面清理整顿，使乱收费在一定程度上得到了遏制。但从总体来看，收费项目仍然过多、规模过大，不能适应发展市场经济和建立公共财政制度的要求。应对现有收费进行进一步清理、整合和规范，推进税费制度改革，优化财政收入结构，逐步建立以税收为主，收费基金为辅的政府收入分配体系。停收工商“两费” 是推进税费改革的一项重要举措。（5）停收“两费”有利于构建公共财政体系。按照建立公共财政的要求，结合政府职能转变，取消政府实施公共管理和提供普遍性公共服务收取的管理费和基金，所需经费通过税收筹集，由财政预算统筹安排。因此，停收“两费”是公共财政制度逐步建立的标志之一。工商管理以及政府维持市场秩序具有公共产品特征，其所需支出应由财政保障，从政府预算中列支。工商管理等部门取得经费保障后，应更有效地提供公共服务，促进集贸市场建设和个体工商户经营发展。
三、促进个体经济和私营企业发展的进一步财税政策
停收“两费”是促进个体经济和私营企业发展重要的举措，但不能仅仅限与此，政府应采取多种措施并重。（1）建立和规范对私营个体经济的税收优惠政策。税收政策的制定要体现在企业公平税平等竞争的原则的基础上。根据具体情况，对一部分具有特殊功能、确需特殊优惠的私营个体经济，可以实行先征后退或定向补贴的做法，以维护税收政策的统一性与完整性；对下岗职工和社会失业人员创办的私营个体经济，可以适当减免征收某些税种，并给予一定的税收宽限期；进一步提高增值税和营业税起征点。（2）规范和减轻针对个体工商户收取的其他各项费用。（3）政府设立多种形式的扶持基金。各级政府要争取安排一定的资金为私营个体经济的发展提供创业资助。（4）扩大对私营个体经济给予财政贴息的范围。